Prawosławna Parafia Wojskowa pw. śww. apostołów Piotra i Pawła w Białymstoku powstała w 1995 roku w ramach formowania struktur Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego wchodzącego w skład Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego.

Przez 25 lat, do końca października 2020 roku, parafia korzystała z niewielkiej świątyni pw. św. równej apostołom Marii Magdaleny na wzgórzu obok opery.

8 listopada 2020 roku, w dniu pamięci św. wielkiego męczennika Dymitra Sołuńskiego, odbyła się uroczysta inauguracja życia liturgicznego w nowej cerkwi przy ul. Warszawskiej 16 w Białymstoku.

Budynek po dawnej przychodni wojskowej został wyremontowany i przystosowany do potrzeb prawosławnej świątyni.

Podczas czynu małego poświęcenia cerkwi czytane były modlitwy z prośbą o uświęcenie nowego miejsca modlitwy i łaskę Ducha Świętego.

Pierwszej Boskiej Liturgii w nowo poświęconym Domu Bożym przewodniczyli Arcybiskup Białostocki i Gdański Jakub oraz Arcybiskup Wrocławski i Szczeciński Jerzy, Prawosławny Ordynariusz Wojskowy.

Z dniem 1 grudnia 2020 roku pełniącym obowiązki proboszcza Prawosławnej Parafii Wojskowej pw. św. wielkiego męczennika Dymitra Sołuńskiego w Białymstoku został mianowany ks. por. mgr Rafał Pagór.